Im Zuge der Errichtung einer reichseinheitlichen Finanzverwaltung nach dem Ersten Weltkrieg wurden Organe für die Behandlung von Beschwerden in Abgabenangelegenheiten eingerichtet und als Finanzgerichte bezeichnet. Diese Finanzgerichte waren keine Gerichte im engeren Sinne, sondern Gliederungen der Finanzämter. Ihre Kammern waren mit Finanzbeamten besetzt.
Durch Erlass über die Vereinfachung der Verwaltung vom 28. August 1939 wurden die Finanzgerichte zwar nicht formell aufgehoben, jedoch wurden Einspruch und Klage in den Abgabenangelegenheiten abgeschafft. Nunmehr entschieden über Rechtsbehelfe in Steuerangelegenheiten die Oberfinanzpräsidenten.
Nach dem Krieg hob das Gesetz Nr. 36 des Alliierten Kontrollrates über die Wiedererrichtung der Verwaltungsgerichte vom 15. Oktober 1946 den Erlass vom 28. August 1939 auf und stellte bei den Rechtsmitteln in Steuersachen den früheren Rechtszustand wieder her.
Nachdem die organisatorischen Maßnahmen getroffen, insbesondere die ehrenamtlichen Mitglieder gewählt und von der Militärregierung bestätigt worden waren, ordnete der Senator für die Finanzen durch Erlass vom 22. März 1948 im Einvernehmen mit dem Senat an, das Finanzgericht werde beim Oberfinanzpräsidenten neu besetzt und seine Tätigkeit am 1. April 1948 aufnehmen.
Durch Erlass vom 8. September 1954 löste der Senator für die Finanzen mit Wirkung vom 1. September 1954 das Finanzgerichts organisatorisch von der Oberfinanzdirektion.
Mit Wirkung vom 1. Januar 1958 wurde das Finanzgericht durch das Gesetz über Maßnahmen auf dem Gebiete der Finanzgerichtsbarkeit vom 22. Oktober 1957 und durch das bremische Gesetz über die Finanzgerichtsbarkeit vom 21. Dezember 1957 zu einem unabhängigen Gericht, das von der Finanzverwaltung organisatorisch und personell getrennt war.
Mit dem Inkrafttreten der Finanzgerichtsordnung am 1. Januar 1966 erhielten die Finanzgerichte eine eigenständige Verfahrensordnung,
die der Eigenart des von Ihnen zu gewährenden Rechtsschutzes gerecht wird.
Seit 01.10.1972 ist das Finanzgericht Bremen, das bis dahin zum Geschäftsbereich des Senators für Finanzen gehörte, der Dienstaufsicht des Senator für Justiz und Verfassung unterstellt.